Функционирование боевой машины 2С6 осуществлялось в основном автономно, но не исключалась и работа в системе управления средствами ПВО СВ.

При автономной работе обеспечивались:

* поиск цели (круговой - с применением станции обнаружения, секторный - с помощью станции сопровождения или оптического прицела);
* опознание государственной принадлежности обнаруженных самолетов и вертолетов с помощью встроенного запросчика;
* сопровождение цели по угловым координатам (автоматическое с помощью станции сопровождения, полуавтоматическое - с использованием оптического прицела, инерционное - по данным цифровой вычислительной системы);
* сопровождение цели по дальности (автоматическое или ручное - с применением станции сопровождения, автоматическое - с помощью станции обнаружения, инерционное - с использованием цифровой вычислительной системы, по установленной скорости, которая определялась командиром визуально по типу выбранной для обстрела цели).